História
Ústav (pod názvom Ústav zoológie a ekosozológie SAV) bol založený v roku 1990 po transformácii a rozdelení Ústavu experimentálnej biológie a ekológie SAV. Pôvodne sa skladal z troch oddelení: Odd. pôdnej biológie, Odd. ekosozológie a monitoringu, a Odd. zoocenológie. V roku 1991 boli k ústavu pričlenené Oddelenia ichtyológie a hydrobiológie (predtým Ústav rybárstva a hydrobiológie SAV). V roku 1993 sa ústav rozšíril o Oddelenie entomológie (prv súčasť Ústavu experimentálnej fytopatológie a entomológie SAV) a Oddelenie ekológie stavovcov (prv časť Ústavu ekológie poľnohospodárskej krajiny SAV). V roku 1995 bol názov upravený na Ústav zoológie SAV. V rovnakom roku bolo vytvorené Oddelenie ekológie vírusov, ktoré zahŕňalo niekoľko zamestnancov Virologického ústavu SAV. Jeho transformáciou neskôr vzniklo spoločné oddelenie Virologického ústavu a Ústavu zoológie. Koncom roku 1995 mal ústav 6 oddelení a takáto štruktúra sa zachovala až do mája 2008, kedy boli pôvodné oddelenia nahradené tromi (neskôr štyrmi) sekciami. V júli 2018 ústav nadobudol organizačnú štruktúru charakterizovanú štyrmi oddeleniami (Odd. ekológie živočíchov, Odd. systematiky živočíchov, Odd. medicínskej zoológie a Odd. molekulárnej fyziológie), ktoré boli v marci 2023 doplnené piatym oddelením (Odd. genetiky a ekofyziológie). Oddelenia odrážajú hlavné výskumné zamerania ústavu. Od 1.1.2022 Ústav zoológie v rámci transformácie SAV zmenil právnu formu z príspevkovej organizácie na verejnú výskumnú inštitúciu s názvom: Ústav zoológie Slovenskej akadémie vied, verejná výskumná inštitúcia (skrátená podoba názvu Ústav zoológie SAV, v. v. i.).