Ústav zoológie SAV vznikol roku 1990 odčlenením od Ústavu experimentálnej biológie a ekológie SAV. Vedecko-výskumná činnosť na Ústave zoológie SAV je zameraná na základný a aplikovaný výskum v oblasti zoológie, ekológie, hydrobiológie, epidemiológie, fyziológie a príbuzných biologických disciplín, v ktorých sa využívajú moderné postupy a analýzy. Hlavnými oblasťami vedeckého výskumu sú:
1) Fyziológia, molekulárnej biológia, genetika, biochémia a správanie živočíchov. Tento výskum je zameraný na identifikáciu, expresiu a funkciu bioaktívnych molekúl a ich receptorov u hmyzu a kliešťov.
2) Epidemiológia, parazitológia a mechanizmy prenosu parazitov na ich hostiteľov. Hlavným cieľom je objasniť zložité vzťahy medzi hostiteľmi (stavovce), ich ektoparazitmi (bezstavovce, kliešťe a roztoče) a rôznymi patogénmi, ktoré prenášajú a spôsobujú vážne ochorenia u zvierat a ľudí.
3) Taxonómia, fylogenéza a ekológia bezstavovcov a stavovcov. Tieto štúdie sa zaoberajú životnými cyklami živočíchov v suchozemských a vodných ekosystémoch, ekologickými vplyvmi človeka na životné prostredie a ochranou prírody.
4) Aplikovaný výskum v lesníctve, poľnohospodárstve a medicíne. Náplňou tejto práce je vývoj a aplikácia bioterapeutických postupov na pacientoch v nemocniciach a vývoj metód masového chovu hmyzu pre priemyselné využitie a ich testovanie v poloprevádzkových podmienkach.
ÚZ SAV spolupracuje s mnohými domácimi aj zahraničnými ústavmi a univerzitami, ktoré majú podobné výskumné zameranie. Výsledky týchto našich výskumných aktivít a spoluprác sú publikované v kvalitných vedeckých časopisoch a monografiách.