Vedecko-výskumná činnosť Ústavu zoológie SAV (ÚZ SAV) je zameraná na základný a aplikovaný výskum v oblasti zoológie, ekológie, hydrobiológie, epidemiológie, fyziológie a príbuzných biologických disciplín, v ktorých sa využívajú moderné postupy a analýzy. Hlavnými oblasťami vedeckého výskumu sú:

  1. Fyziológia, molekulárnej biológia, genetika, biochémia a správanie živočíchov. Tento výskum je zameraný na identifikáciu, expresiu a funkciu bioaktívnych molekúl a ich receptorov u hmyzu a kliešťov.
  2. Epidemiológia, parazitológia a mechanizmy prenosu parazitov na ich hostiteľov. Hlavným cieľom je objasniť zložité vzťahy medzi hostiteľmi (stavovce), ich ektoparazitmi (bezstavovce, kliešte a roztoče) a rôznymi patogénmi, ktoré prenášajú a spôsobujú vážne ochorenia u zvierat a ľudí.
  3. Taxonómia, systematika, fylogenéza, etológia a ekológia bezstavovcov a stavovcov v suchozemských a vodných ekosystémoch. Hydrobiologický výskum je zameraný na časovú a priestorovú variabilitu druhovej diverzity makrozoobentosu a bioindikáciu antropogénnych zmien v prostredí tečúcich a stojatých vôd.
  4. Aplikovaný výskum súvisiaci s renaturalizáciou vodných útvarov a hodnotením vplyvu narušenia hydromorfológie v ekosystémoch tečúcich vôd.

ÚZ SAV spolupracuje s mnohými domácimi aj zahraničnými ústavmi a univerzitami, ktoré majú podobné výskumné zameranie.