Ústav zoológie SAV vznikol roku 1990 odčlenením od Ústavu experimentálnej biológie a ekológie SAV. Zameriava sa na štúdium, analýzu a interpretáciu poznatkov z oblasti taxonómie, chorológie, ekológie, etológie, fyziológie živočíchov, ekosozológie, parazitológie a problematiky vybraných zoonóz. Kladie dôraz na aplikáciu dosiahnutých výsledkov základného výskumu v ochrane prírody, poľnohospodárstve, lesníctve a zdravotníctve.

Vedecko-výskumná činnosť Ústavu zoológie SAV je zameraná na základný výskum v oblasti zoológie, hydrobiológie, ekosozológie a podporných biologických a ekologických disciplín (botanika, ekológia). Orientuje sa na získavanie poznatkov o systematike a taxonómii, výskyte a rozšírení živočíchov, ich autekológie a demekológie. Vyhodnocuje získané údaje a poznatky vo vzťahu k funkciám suchozemských a vodných ekosystémov, ich histórii a vývoju, antropogénnym disturbanciám v nich a z toho vyplývajúcim problémom ochrany prírody. Ďalej sa zameriava na štúdium fyziológie, molekulárnej biológie a etológie živočíchov, na štúdium medicínskeho významu živočíchov a na komplexné štúdium vzťahov medzi hostiteľom a parazitom. Súčasťou náplne ústavu je i štúdium a vývoj metód masového chovu hmyzu pre priemyselné využitie a ich testovanie v poloprevádzkových podmienkach.